O mundo todo usa aplicativos de smartphone, mas dentro deles moram criaturas desconhecidas conhecidas como App Monsters - ou Appmon. Os Appmon são inteligências artificiais com a capacidade de pensar e agir, vivendo no limiar entre o mundo humano e o digital. No vasto mar da internet, uma vilanesca IA chamada Leviathan cria um L-vírus para obter controle sobre os Appmon e começa a hackear todos os sistemas do mundo, controlando o mundo humano com a força da internet. Haru Shinkai obtém o Appli Drive e o usa para materializar Gatchmon, um Appmon de aplicativo de busca.
