Se passa num mundo onde as mulheres lideram a sociedade graças a invenção da Infinite Stratos, uma poderosa arma que só pode ser equipada por elas. Com isso, pouco a pouco as mulheres começaram a ter seu lugar em postos importantes, até que um dia substituíram o papel dos homens. Num mundo assim, surge um único homem capaz de equipar uma IS e então ele entra para um colégio de treinamento onde só existem garotas.
