Mireille Bouquet é uma assassina profissional, e muito boa no que faz. Mas quando segue um e-mail de uma menina japonesa chamada Yumura Kirika, lhe chamado para “fazer uma viagem ao passado”, sua vida torna-se ainda mais perigosa do que já é. Agora, com uma melodia assombrosa que invoca a memória de um evento muito antigo, Mireille e Kirika decidiram-se trabalhar junto para encontrar a verdade sobre uma organização de mil anos que controlou ambas suas vidas desde que antes de nascerem. E o único indício em sua busca, a única coisa Kirika recorda sobre ela, transforma-se seu codinome de trabalho: um nome que designa um fato antigo, de duas garotas que reinam sobre a morte-Noir.